»нтервью с ƒарьей яковишиной, гендиректором компании Ђ ситестї

»сточник: The DairyNews
ќ геномной оценке в современном животноводстве –оссии и мира, локальных базах племенных животных Ц в интервью The DairyNews с генеральным директором Ђ ситестї ƒарьей яковишиной.

DN:  акое значение имеет геномна€ оценка в мире и в –оссии?

ƒя: Ћюба€ оценка всегда была нужна дл€ одного: чтобы селекционировать животных. —елекции в животноводстве - несколько тыс€ч лет, довольно давно люди отбирают наиболее подход€щих особей дл€ их дальнейшего разведени€. ¬ыбирают самых красивых, крупныхЕ или по иным признакам.

ƒаже в результате таких простых методов селекци€ дала существенный результат. ¬се видели, как коровы выгл€дели 300 лет назад и как они выгл€д€т сейчас, как выгл€дели овцы? јрбузы, кстати, раньше тоже выгл€дели совсем иначе.      

ќднако в определенный момент люди уперлись в потолок, пон€ли, что обычные методы больше не работают: что на самом деле все очень похожи между собой и предсказывать просто по внешнему виду уже не получаетс€. » куда двигатьс€ дальше?

 ак пон€ть сколько будет давать молока корова? ѕрежде чем узнать это, нужно было дождатьс€, когда корова оплодотворитс€, забеременеет, родит, начнет приносить молоко Ч процесс раст€гиваетс€ на годы.

ƒл€ бизнеса это прежде всего означает вложение некоторых инвестиций с не€сным коэффициентом возврата. ѕотому что полные сестры (одинаковые отец и мать) могут отличатьс€ по удою за лактацию на 2-3 тонны (такие примеры не единичны, и мы наблюдали их у наших клиентов). Ќам, конечно же, хотелось бы получить ту, котора€ приносит больше, но как их отличить, совершенно не €сно. ѕоэтому сначала по€вилс€ BLUP, первый метод математической оценки, который использует линейную алгебру, большие матричные системы, которые содержат всю родословную и услови€ среды, фенотипы (данные по молочной продуктивности, долголетию, и т.д.) и другие данные. Ётот метод активно примен€лс€ с середины прошлого века.

ќднако, эта методика оп€ть не давала понимани€ - как выбрать лучшую корову из двух сестер. ѕока корова не начинала давать молока - никак.

ѕри том, что каждое живое существо наследует разные кусочки генома от своих родителей, и существует несколько дес€тков миллиардов вариантов того, каким может быть результат. Ќа этом этапе стало пон€тно - что недостаточно знани€ только о родословной дл€ прогнозировани€ племенной ценности животного.

–одилась иде€ использовани€ генетики дл€ прогнозировани€ и формировани€ базы: если у нас есть животное с похожим геномом в такой же среде, мы можем сказать, что ожидает похожую на него особь.

“очность геномной оценки по разным показател€ми достигает 85%.

DN: ¬ы пришли из IT-стартаповЕ

ƒя: “очнее, из биотеха больше.

DN: »з биотеха. √еномна€ оценка Ч достаточно дорога€ технологи€. Ќасколько вообще оправдано ее использование? «наю, сейчас помимо вас Ђјгроплемї проводит геномную оценкуЕ

ƒя: Ђјгроплемї делает несколько иное.

≈сли начать объ€снение с базы: что такое оценка? Ёто генетика плюс знани€ условий окружающей среды.  огда мы складываем одно и другое, у нас получаютс€ конечные фенотипы. „тобы подн€ть генетический вклад, нам нужно из фенотипа вычесть услови€ среды. “огда мы сможем пон€ть генетический потенциал.

≈сли упрощать, то одно и то же животное в “ехасе или в “юменской области будет давать разное количество молока. ¬ ходе нашей оценки мы понимаем, что животное с определенным генотипом в определенных услови€х среды приносит конкретное количество молока.

„ем больше база данных по животным, тем лучше будет оценка. Ќа наш взгл€д, важно, чтобы база была локальной, как и во всех странах мира, примен€ющих геномную селекцию.   сожалению, в –оссии с этим немножко притормозили, во многом исторически так сложилось - не было возможностей. ѕоэтому мы решили, что мы не будем использовать чужие референтные базы, а создадим свою, потому что использование  анадской, јмериканской или любой другой базы Ц бессмысленно!

» начали собирать свои генотипы и фенотипы Ч в ”дмуртской республике мы делаем именно это. ѕока что в –оссии мы единственна€ компани€, котора€ занимаетс€ тем, что собирает свою базу: генотипы, среду и фенотипы.

DN: Ќа какой стадии сейчас проект в ”дмуртии? ¬ы ведь подписывали соглашение по нему с правительством региона?

ƒя: Ќачинать проект в прошлом году из-за пандемии было трудно.  ак только мы презентовали проект хоз€йствам, все закрывают, вообще. —амолеты не летают, приезжающих в ”дмуртию сажают на карантин, все хоз€йства закрыты.

” нас действительно подписано соглашение с ћинсельхозом ”дмуртской –еспублики о совместном внедрении геномной селекции. ќднако заказчиком создани€ геномной референтной базы выступает не правительство –еспублики, а хоз€йства Ч они сами принимали решении о генотипировании, сами платили за него, после чего их данные включаютс€ в общую базу.

ѕоэтому после подписани€ соглашени€ нам нужно было лично приехать в каждое хоз€йство, рассказать им о преимуществах геномной селекции и убедить подписать контракт. –аз хоз€йство платит деньги, оно захочет получить прибыль от внедрени€ геномных оценок, поэтому будет реально использовать наш продукт и смотреть на результаты. — апрел€ по июль прошлого года мы как раз подписывали договора с хоз€йствами, сначала общались удаленно, потом лично. «а следующие полтора мес€ца нам нужно было собрать биологические образцы дл€ генотипировани€, и мы буквально УобщипалиФ хвосты более чем у 7000 коров.

Ёто было неверо€тное ралли, мы собрали всю нашу команду нетолько животноводов и ветеринаров, но и биоинформатиков и аналитиков и на машине проехали все хоз€йства ”дмуртии.  аждый член команды был проинструктирован и участвовал в сборе биобразцов.

¬ окт€бре прошлого года мы уже показали геномные оценки по 6-ти показател€м: молочна€ продуктивность, жир и белок в килограммах и процентах и продуктивное долголетие животного.

ѕоскольку мы из мира стартапов, то стараемс€, чтобы нашими данными было удобно пользоватьс€. Ќепон€тно, как использовать оценки, если результаты приход€т в виде 8 тыс€ч отдельных бумаг. ƒаже если они в формате Excel, в итоге данные получатс€ разрозненными, ими будет сложно пользоватьс€ и анализировать. ѕоэтому наши оценки доступны сотрудникам хоз€йства в веб-сервисе, чтобы было удобно вести рутинную селекционную работу.

≈ще в сервисе показаны результаты проверки на наследственные заболевани€ и признаки (комолость, казеин и т.д.). Ѕуквально мес€ц назад мы сформировали также первый генетический индекс.

DN: я правильно понимаю, что существует разработанное программное обеспечение, благодар€ которому хоз€йства могут работать в единой системе?

ƒя: ƒа, все верно. ќбща€ база, которую используют удмуртские хоз€йства и минсельхоз, где фиксируютс€ общие оценки, и министерство также видит лучших животных и хоз€йства - по производству и продуктивности.

DN:  акие прогнозы по удмуртскому проекту? „то вообще может это дать в ближайшую п€тилетку?

ƒя: ” проекта две большие цели. ѕерва€ Ч формирование собственной быкород€щей группы. ¬ –еспублике есть два бычатника, Ђћожгаплемї и Ђ”дмуртплемї. ”дмурти€ хочет уйти от импортных животных, семени, полностью перейти на своих быков. — помощью отбора мы сможем это сделать, сможем делать ранние оценки быкам, сразу видеть, какие из них хорошие, какие плохие, не дожидатьс€, когда их дочери будут давать молоко. » вести ускоренную селекцию. ¬тора€ больша€ цель - подъем молочной продуктивности и качественных показателей молока.

DN: ќдной из первых в XX веке геномную селекцию начала вводить »рланди€...

ƒя: ƒа, и у них ситуаци€ была гораздо более сложна€, чем у нас. –оссии в каком-то смысле повезло: у нас довольно большие хоз€йства, агрохолдинги, а в ≈вропе зачастую - несколько дес€тков коров в одних руках. „тобы начать геномную селекцию, нужно было научить всех бирковать, записывать данные единообразно. » договоритьс€ не с дес€тью хоз€йствами, а с тыс€чами фермеров. ќни очень долго занимались этим, создали общую организацию. ¬ течение п€ти лет »рланди€ полностью заменила быков на собственных, а в течение дес€ти лет у них ROI было 10 к 1. ѕродуктивность тоже выросла, но она немного меньше, чем в —Ўј, потому что у них друга€ структура ведени€ животноводства. »х геномна€ селекци€ была больше нацелена на здоровье скота.

DN:  ак вы относитесь к племенным породным книгам?

ƒя:  онечно, данные записывать нужно, конечно, нужна обща€ база быков Ч мы как никто про это знаем, потому что делаем общую родословную, провод€ свои оценки.

ћы знаем, что есть очень много ошибок в запис€х, у нас есть собственный алгоритм, который берет данные Ђ—елексї и их Ђчиститї. Ќаходит, где задвоение ноликов, где трижды записали одно и то же животное, использовали один и тот же номер п€ть раз, где бык записан сначала по кличке, потом по номеру, потому по номеру в Ђ—елексеї, потом по трехзначному номеру Ч и это все один бык.

Ѕез общей родословной сложно расшир€ть базу.

ќднако, прин€та€ у нас манера Ц это ругать хоз€йства, за ошибки и недостоверные данные.

Ќам кажетс€ такой подход неверным! Ћюди не вид€т смысла вести данные более тщательно, нет ни прибыли, ни большей информативности, а затраты дополнительные есть!

ѕоэтому мы уверены, что сегодн€ нужно идти от обратного: это нам надо показать хоз€йствам возможности, которые они получают записыва€ данные, давать люд€м аналитику, рассказывать откуда вз€ть дополнительный доход и почему это выгодно.

ј дл€ этого нужно уметь эффективно использовать уже доступные данные, мы умеем.

DN: я так понимаю, вы работаете с Ђ—елексомї в своей программе?

ƒя: ћы работаем со всеми IT-программами, в которых наши клиенты ведут записи. AfiFarm, DairyComp, SELEX Ч все, что были у наших клиентов, мы все используем.

DN: ≈сть у вас какие-то примерные оценки, сколько действительно поголовье коров в –оссии?

ƒя: ƒумаю, the DairyNews тут гораздо лучше нас ответит.

DN: —ейчас очень многие уход€т от статуса племенных хоз€йств.  ому-то выгодно, а кому-то лучше просто не заморачиватьс€ работой с госветстанцией и планомерно улучшать свое собственное стадо. » поэтому вот тут тоже вопрос: что нужно дл€ того, чтобы учесть все поголовье сейчас, на ваш взгл€д?

ƒя: — точки зрени€ селекции в животноводстве нам самое важное Ч чтобы все животные были учтены.

¬се страны в мире начинали с выдачи уникальных ID. ѕроблема с идентификацией животных в том, что могут не учитыватьс€ Утеневые" коровы, так называемые Ђ«олушкиї. » тут вопрос к системе господдержки, возможно, необходимо изменить KPI дл€ хоз€йств, чтобы им не приходилось пр€тать часть животных.

ѕосле идентификации нужен единый инструмент дл€ учета животных, или как минимум единый формат. ѕри желании, государство могло бы этого добитьс€.

DN: ƒавайте вернемс€ к ”дмуртии - что вас больше всего удивило в процессе проведени€ исследований?

ƒя: јтмосфера, пожалуй.  огда ты приезжаешь в простой дерев€нный дом, на заднем плане петухи поют, а ты сидишь и рассказываешь про геномную оценку, ƒЌ  и о том как это делаетс€ в —Ўј. „то при€тнее всего - люди прин€ли все с интересом.

¬ ”дмуртии есть небольшие хоз€йства, которые крайне бережно ведут своих животных. » у которых есть четка€ потребность в генетике, потому что они, на самом деле, Ч все, что можно было оптимизировать с помощью ухода и кормлени€, Ч уже сделали. ќни говор€т, что Ђћы можем получить удо€ на 2 тонны больше, но тогда нам придетс€ сильно увеличить затраты на корма, и экономически это просто не сойдетс€.ї

ћы видели интересных животных. Ќапример, быка, который работает уже около 10 лет и он совершенно уникальный, потому что у него все дочери с высокой оценкой, все очень много дают молока, хот€ считаетс€, что генетика очень быстро развиваетс€ и быков надо мен€ть каждые 3-4 года.

DN:  ак вы планируете расшир€тьс€? Ќа какие регионы?

ƒя: ћы сейчас ведем переговоры с несколькими регионами, в том числе с “юменской областью. ќни разработали программу по внедрению геномной селекции в прошлом году (мы в этом также участвовали) и имеют подготовленный план действий.

≈сть отдельные инициативы от хоз€йств, в том числе от агрохолдингов.

— нами работает јќ У–осси€" из  раснодарского кра€. ” них очень прогрессивный директор, который съездил в —Ўј чтобы послушать лекции профессора в ‘иладельфии по геномной селекции!

DN: –асскажите, как создавалась компани€  ситест?

ƒя:  омпанию создавали мы с ёрием ѕековым. ћы пришли из биотеха Ч у мен€ PHD по биоинформатике, кандидатска€, котора€ получена в ≈вропе. ёра окончил ћ√”, »нститут биоинженерии и биоинформатики. ѕосле окончани€ диссертации € подумала, что биотех в –оссии сильно недооценен - на тот момент € работала в области исследований онкологии и медицинской генетики.

ѕервоначально мы работали как аутсорс в биотехе. ћы начали анализировать генетические данные на заказ дл€ компаний из фармы, дл€ научных организаций. ” нас было несколько крупных проектов, были международные заказчики и российские. ћы хотели пон€ть, кака€ ниша в –оссии кажетс€ наиболее интересной, где лучше всего применить наши знани€ и умени€.

¬ какой-то момент к нам пришел Ђћираторгї, когда они только-только стартовали свой проект, и сказали: Ђ–еб€т, мы хотим делать геномную селекциюї. ¬ –оссии тех, кто бы это еще мог сделать референтную базу, рассчитать геномные оценки на этой базе, подобрать нужные модели, было не очень много.

Ѕлагодар€ этому запросу мы обнаружили в јѕ  значительный запрос на геномную селекцию, также тот факт, что фактически никто не делает локальную референтную базу и нет подготовленного дл€ этого IT-сервиса.

ћираторг в итоге реализовал это самосто€тельно, - так часто бывает - не люб€т крупные компании отдавать что-то важное на аутсорс. ј мы решили разобратьс€, познакомились с международными ассоциаци€ми, привлекли менторов - людей, которые запускали геномную селекцию в  анаде, —Ўј, јвстралии. » через полгода представили первую версию нашего сервиса и подписали крупный контракт с хоз€йством У–ассвет" - тогда оно называлось У убань".

ћы посто€нно верифицируем свои знани€ и данные, общаемс€ с международным сообществом, а в прошлом году вступили в ICAR, получили у них статус компании по анализу генетических данных.

—ейчас мы единственные в –оссии, у кого есть така€ международна€ аккредитаци€, а всего таких компаний в мире Ц 23.

ћы верим, что создание собственной базы и признание наших оценок на международном уровне Ц это единственный верный путь!

DN: —пасибо! Ѕудем внимательно следить за вашими успехами!

04.05.2021
Ќовый год, 23 феврал€, 8 марта Ц праздники никогда не были помехой потреблению молока. Ќаоборот, в такие дни спрос на молочные продукты обычно увеличиваетс€.
„итать полностью
  • ѕн
  • ¬т
  • —р
  • „т
  • ѕт
  • —б
  • ¬с
12
—р
12
—р
12
—р
18
¬т
18
¬т
18
¬т
22
—б
 алендарь